El virus Y de la papa (PVY), virus representativo del genero Potyvirus, es uno de los virus de mayor incidencia en los cultivos de Solanaceas, tales como la papa, tabaco y pimiento. PVY existe como un complejo de variantes (strains) que son distinguidos principalmente por los sintomas desarrollados en plantas indicadoras, su reactividad serologica y la identidad en su genoma, entre las cuales PVY-O, PVY-N and PVY-C son los mas comunes. En este estudio, 11 aislamientos de PVY encontrados en muestras de Solanum spp. de cuatro ciudades de la region Andina, fueron analizadas mediante secuenciamiento profundo (deep sequencing). Se produjeron ‘contigs’ mediante el program VELVET, los cuales posteriormente se ensamblaron utilizando el programa Seqman (del paquete de DNASTAR), obteniendose y confirmando los genomas completos de estos aislamientos empleando el programa MAQ, esto con el objetivo de determinar la variante al cual pertenecian y sus variaciones en secuencia. Basado en los analisis filogeneticos y de recombinacion, se identifico un nuevo linaje dentro del grupo N, el cual fue designado como N2 y un nuevo tipo de recombinante denominado N2/A. Este nuevo recombinanate tiene una estructura genomica entre el linje N2 y un nuevo linaje de PVY el cual fue designado como A (Andino). La respuesta biologica en plantas de tabaco definio a este nuevo recombinante (72 ARG) como un aislamiento de PVY-O/C, sin embargo su perfil serologico frente a anticuerpos monoclonales revelaron su correpondencia con la variante N. Este resultado podria indicar a este nuevo grupo como un putativo linaje de PVY.