La conservación in situ de la papa es un proceso dinámico influenciado por los cambios climáticos, los factores socioeconómicos y la motivación personal de los agricultores. La pérdida, el reemplazo, la selección de los agricultores y la evolución continua pueden conducir a cambios en la composición de las variedades cultivadas en los campos de los agricultores.

Proyecto del Centro Internacional de la Papa evaluó la diversidad genética de papas nativas en dos áreas (Pasco y Sierra de Lima) para asegurar que la diversidad se mantenga de manera complementaria (in situ y ex situ) y se identificó brechas genéticas en la colección ex situ mantenida por el CIP.

El proyecto se centró en dos regiones contrastantes: Pasco y Sierra de Lima, particularmente en los agricultores que son guardianes de las variedades locales de papa y que son miembros de una asociación de agricultores custodios «Aguapan». Los guardianes de Aguapan mantienen un número significativo de variedades de papa nativa que fueron identificadas con base en la taxonomía popular y la descripción morfológica, pero nunca se ha determinado el número exacto de cultivares distintos.

El Centro Internacional de la Papa trabajo junto con YANAPAI en la recopilación de información fenotípica, la documentación de nombres locales y el intercambio de conocimientos sobre el manejo agrícola de la diversidad de la papa, la toma de fotografías de las etapas fenológicas y la recolección de muestras de hojas o tubérculos para Huella de ADN.